本人有公积金，在银行备案时签了一份有公积金的合同，现在已放款，但全部系商业贷款，我去那里上诉。

首先要明确是否哪个环节自己搞错了？如果是公积金贷款，会有系列手续的，一般不会搞错，银行也不敢私自改变你的贷款方式。
按照你说的这仿前种情形，你可以先咨询下银行，看看当时自己到底采取的那种贷款方式。如果是银行错误，可扒圆以去银行内部投诉。如果是公积金管理中心错误，可以去公积金管理中心相关部门投诉。如果是开发商和银行联合作假，可以去城建局投诉备此清开发商。