我入台的证件齐全（商务入台证+港澳通行证+护照），订的机票是上海到香港转机然后桃园机场入境台湾。

就我所知，航空公司柜台办登机证都是全程一次打出来（上海-香港，香港-桃园）而且行李也都是直接挂到目的地。请问这样上海出海关会有问题吗？

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不会有问题了，但是你消岩回来的时候不能从台湾直迅洞飞回大陆，因为拿昌御你没有大陆往来台湾通行证，不会让你直接入境，你还要从香港入境大陆。

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证件齐全，无需担心。正常办理乘机手续即可：）

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