根据你的问题：
1、不需要卸载Linux系统，也没法卸载，直接覆盖安装就可以了。
2、在Linux系统上运行不了windows系统里面的setup.exe文件，因此无法使用虚拟光驱工具打开直接安装。
下面是安装的简要步骤
1、找一台可用的windows系统
电脑，使用“软碟通”或者“老毛桃”软件，把windows server 2008 r2的iso文件写入到U盘，做成系统盘。
2、把U盘插在要装这个系统的电脑上，开机选择U盘启动，然后按照提示进行安装就行了。
用你自己的电脑制作系统安装U盘
方法:在msdn.itellyou.cn上下载microsoft windows server 2008 r2的光盘映像文件,解压至U盘,以
管理员身份运行cmdzui(命令提示符),在cmd下输入bootsect /nt60 H:(U盘驱动器号),插在需要安装系统的机器上，开机根据屏幕提示选择启动项或修改启动顺序,例如F2/F12/ESC,按图形化界面提示操作即可,还有需要重新分区,注意删除卷会删除其中的所有数据！！
安装后记得激活,为了保障公司的利益,公司的电脑建议用序列号激活