1978年差孙，行政院新闻局代局长宋楚瑜于邀请影坛人士座谈征询意见后，决定仿效奥斯卡金像奖，实施两阶段评审制度，即第一阶段评审阅毕全部参赛影片后，开会讨论，表决提出入围影片及各单项名单并公布，然后再评选得奖名单、于颁奖典礼时公布最后结果；此制于同年十五届试办、自第十六届起正式实施。
1982年，“台湾新电影”由《虚粗链光阴的故事》发端，一时蔚为风潮，更在焦雄屏、黄建业等“新派”影评人的大力推介下，成为当时台湾艺文界的新兴潮流；但在1984年后，多部走“新电影”路线的影片票房收益不佳，使这股风潮受到一些“旧派”影评人的质疑，引发了“新旧影评之争”，并且延续到了金马奖的评审上。后来，金马奖评审团的结论，常被解读为偏重鼓励艺术色彩浓厚之创作，其艺术化、抽象化等呈现手法，往往无法反映市场的风向，形成“叫好不叫座”的评价；此外，因为台湾新电影符合多数评审的喜好，亦引起许多香港和大陆电影人的不满及杯葛。过去也认为，重视艺术并受评番青睐的艺术电影，以及重视票房却不受评番青睐的商业电影，只能选择或偏重其中一种取向来制作。
金马奖历来由十几位电影从业人员组成的评审团决定获奖者，缺乏广泛性和代表性，也无观众参与，常招致获奖名单多元性不足等质疑，且每届得奖影片水平落差较大。包括电影工作者焦雄屏、导演侯孝贤、蔡明亮，香港导演王晶、陈嘉上在内的人士，均曾批评金马奖的“小圈子”评审制度，并呼吁金马奖设立类似香港电影金像奖的多轮、多人、多层面的电影评审制度，以及由专业影评人等团体和各界观众组成评审团，以期兼顾各方电影专业，以及商业市场的角度。然而金马奖评审不受外界影响，及所有评审皆在严格规定下完成审片、讨论、投票程序的严谨，也是它在华语电影奖项中最受肯定、也被得奖者视为至高荣誉的主因。 金马奖在入围名单中，出现几次入围后发现资格不符又遭到撤销入围资格，亦是入围名单公布后发生争议事件。 1、第40届原同时以《飞跃情海》入凳缓围最佳女主角、最佳新演员的林依晨，被以前一年演出《空手道少女组》并担任女主角而取消最佳新演员入围资格，当年最佳女主角亦败给演出《金鸡》的女演员吴君如。 2、第45届原入围年度台湾杰出电影工作者的金城武，在名单公布6小时后被因国籍（因属日籍）资格不符，取消该奖项入围资格，成为金马奖史上最短命入围者；最佳新演员入围者田中千绘传出出道多年早已在多部电影参与演出，入围资格备受争议，金马奖委员会出面解释，新人奖中的首次演出认定，在于是否担任片中主/配角，对于只是客串性质演出在入围资格认定上不构成问题。 3、第49届原入围最佳原创电影歌曲的《沉默如谜的呼吸》（词：周云蓬，曲：周云蓬，唱：周云蓬，出自影片《神探亨特张》）与“惊惶”（词：沼泽乐队，曲：沼泽乐队，唱：沼泽乐队，出自影片《浮城谜事》），在入围名单于2012年10月2日下午5点公布后，经台北金马影展执行委员会查证并非影片原创歌曲，也与电影公司求证确认后，于同日晚间10点在官方网站公告取消两首歌曲的提名资格。