可以，只要取得海关完税凭证、运输费用增值税专用发票就可以抵扣。
附注：
增值税本来应该有国税局征收，但在海关进口货物时，有海关一并征收相应关税、增值税和消费税等。此时，称为增值税由海关代征。
税务机关根据有利于税收控管和方便纳税的原则，可以按照国家有关规定委托有关单位和人员代征零星分散和异地缴纳的税收，并发给委托代征证书。受托单位和人员按照代征证书的要求，以税务机关的名义依法征收税款，纳税人不得拒绝；纳税人拒绝的，受托代征单位和人员应当及时含轿圆报告税务机关。
代征人代征税款后，必须按代征协议规定的票款结报时间和要求，向主管税务机关填报《代征代扣税款结报单》，并办理票款结报。税收会计以结报单作为核算代征税款和计付代征手续费的原始凭证。凡扣缴谈塌义务人和代征人未向税务机关报送代征代扣税款结报单的，税务机关不得向扣缴义务人和代征人支付代征代扣手续费。代征人应每月两次（一般为15日和30日）报送代征税款申报资料并把代帆笑征税款缴入国库。