1、两版只有9只精灵不同，对主线剧情无任何影响。
2、不同的九只分别是
NO.388(藤叶蛇\嫩苗龟):
NO.389(藤爵蛇\丛林龟):
NO.390(藤皇蛇\地壳龟):
NO.391(暖暖猪\小火猴):
NO.392(朝阳猪\猛火猴):
No.393(炎武猪\烈焰猴):
No.394(球海獭\圆企鹅):
NO.395(双贝海獭\王储企鹅):
NO.396(巨剑海獭\钢帝企鹅):
3、两版主宠的捕捉地完全纳滑相同，只不过，选择了神奥版的主宠就无法捕捉伊宿版的了，同理选择了伊宿版的主宠也就无法捕捉神奥版的了。另一版的主宠在这一版的主枯昌宠是无法遇见的。
4、主宠不同，宿敌（小遥/从树）的精灵也会随之改变。
5、在伊宿版本，创世神阿尔宙斯可以通过回忆习得没茄扒剑舞，但是在新奥版本不可以。
BW版御三家为草蛇、火猪、水濑，DP版御三家为树龟扰培毁、火猴，企鹅 两个版本主宠中扒不通用，也就是是说DP版不能捉BW版的御三家，BW版不能捉DP版缓备的御三家。
两个版本有9只精灵不同，详细如下：
1.NO.388(藤叶蛇嫩苗龟):
2.NO.389(藤爵蛇丛林龟):
3.NO.390(藤皇蛇地壳龟):
4.NO.391(暖暖猪小火猴):
5.NO.392(朝阳衫斗猪猛火猴):
6.No.393(炎武猪烈焰猴):
7.No.394(球海獭圆企鹅):
8.NO.395(双贝海獭王储企鹅):
9.NO.396(巨剑海獭钢帝企鹅):
初始宠物