进项发票超过了90天，是不是就不能认证了？

进项发票超过了90天，不能认证，因此稿枣不能进项税抵扣。

《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得防伪税控系统开具的增值税专用发票进项税额抵扣问题的通知》（激纳国税发[2003]17号）
　　一、增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证，否则不予抵扣进项税额。
　　二、增值税一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票，应在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额并申报抵扣，否则不予抵扣进项键铅拆税额。

一般都是3个月，你看下上面应该有有效期

对，要么进入相关成本。
但可以要求对方重开发票。