差额征税是作为总额税的营业税自身的一场救赎。在1994年税制改革之初，营业税作为一种总额征税的税种，主要在无形的劳务和服务领域征收。由于营业税是总额税，存在重复征税，因此当初营业税税率定的比增值税税率要低，除了
娱乐业20%以外，其他最高税率也就5%，远低于增值税的17%和13%。但是，随着后期我国服务业的不断发展，
社会化分工越来越复杂，营业税即使税率低，但重复征税的负面效应越来越严重。某种程度上已经影响了现代服务业的发展。因此，在2003年，营业税自身也进行了一次大的救赎，就是自财税【2003】16号文以后，营业税在各个税目中（特别是在现代服务业领域中）引入了大量的差额征税政策。但是，现代服务业领域众多，分工合作形式多样，16号文不可能涵盖所有。即使国家税务总局不断发文，也跟不上现代
商业发展的步伐。因此，各地省局（甚至市局）都根据各自情况出台了各自的营业税差额征税规定。这从一个侧面实际反映了营业税下差额征税政策的低效性。所有差额征税的政策必须有税务局文件正列举，甚至连扣除项目的名称都要和税务局发文的名称一字不差。政策永远是落后于商业实践。这种做法肯定制约现代服务业的创新发展。而增值税下，进项税的抵扣是采用反列举的发票乎瞎渗
管理，只要你能够取得增值税专用发票，除非不可抵扣，都可以正常抵扣进项税。因此，相对于差额征税的“扣额法”，一般增值税征收方式下的销项税减进项税的“扣税法岁脊”更加高效，也更符合税制中性原则。
在增值税制度下，“扣税法”和“扣额法”是不应该并存的，但这只是在理论上看。因为增值税在落地实施后，由于各种利益诉求或制度背景，有些项目不征收增值税（比如政府服务、政府土地出让），有些项目免征增值税（比如
农业生产者销售自产农产品），同时增值税还存在多档税率的问题，这些增值税链条中的断裂带使得增值税制度在实际运行中又不得不折中的变相采用“扣额法”。但是，我们需要注意的时，增值税毕竟不同于营业税，即使在增值税下我们用“扣额法”，那和我们在营业税下的差额征税方法还是存在本质差别的。凡是上游属于不征或免征增值税项目的，但我们仍然让下游取得进项抵扣或销项扣减的，都属于增值税下的“扣额法”。比如，农产品定额抵扣进项税和
房地产企业土地成本可以扣减销项税销售额，在
经济业务的本质上是一样的。
国家税务总局2016年23号公告所指，按照现行政策神世规定适用差额征税办法缴纳增值税，且不得全额开具增值税发票的（
财政部、税务总局另有规定的除外），纳税人自行开具或者税务机关代 开增值税发 票时，通过新系统中差额征税开票功能，录入含税销售额（或含税评估额）和扣除额，系统自动计算税额和不含税金额，备注栏自动打印“差额征税”字样，发票开具不应与其他应税行为混开。
增值税下差额征税的开票方式并非都是差额开票，究竟是全额还是差额，财政部和国家税务总局是要有特别规定的。但是，我们回到上面的图可以看到，如果我们引入差额征税的环节是在B2C环节，由于C的成本就是以含税价来衡量的。因此，不管你是全额开票还是差额开票，对于C而言都没有任何影响。因此，我们可以得到的一个结论是，如果你给予差额征税的这个产业就是处于增值税最终端的这个B2C环节，你完全没必要引入差额开票的方法，反而会增加纳税人改革成本。
因此，我们在开票环节引入差额开票的方式，本质上是因为我们引入的差额征税的环节既有B2C，又有B2B。而我们只想把差额征税的这个补贴效应给C享受，不想给下游的B去享受（考虑到各种征管成本和政策套利效应）。这个想法本无可厚非。但是，具体采用何种实现方式则需要在尊重市场规律下仔细考量。而差额开票的方法会存在两个很大的问题：
1、差额开票的方法影响了市场主体的正常经济决策。对于参与市场竞争的主体B而言，差额开票方式使得B无法明确知道自己的成本。比如，B花同样的价格购买的房屋，仅仅是因为上游房地产企业土地成本不一样，我在增值税税制下的购房成本也不一样，且这个成本在我决定购房决策环节还无法得知，只有在最终房屋开票环节才能明确。这种方式是市场主体无法接受的。
2、差额开票的方式实际上通过开票方式将上游的成本利润构成向下游进行了披露，上游的商业秘密通过增值税发票泄露出来了。这个可能也是市场主体无法接受的。
正是因为这个因素，23号公告对于差额征税开票规定中加入了一个规定“财政部、税务总局另有规定的除外”。正是因为差额开票可能导致的各种不确定效应，我们认为差额征税全额开票应该是一种常态，差额征税差额开票只能是极少的例外。
那房地产的土地成本差额征税是否要引入差额开票制度呢？我其实地产这类商品更加特殊，地产是投资品，不是消费品。严格意义来讲，地产不存在最终的消费环节。而所有地产销售环节的增值税都处在国家监控之下，需要在办理产权环节先税后证，无法偷漏税。因此，地产行业土地差额征税并不会产生很大的政策套利空间和偷漏税问题，应该无需专门引入差额开票制度。
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